भगवान वाल्मिकी तीर्थ अस्थान का प्रबंधन और रखरखाव वाल्मिकी तीरथ विकास बोर्ड द्वारा किया जाता है। भगवान वाल्मिकी धूना साहिब मैनेजमेंट ट्रस्ट के महंत बलदेव गिरि और महंत मलकीत नाथ के बीच स्थल प्रबंधन को लेकर विवाद था। 2013 में, महंतों और वाल्मिकियों के बीच तनाव के कारण, पंजाब पुलिस को साइट पर तैनात किया गया था। 9 सितंबर 2014 को, पंजाब सरकार अदालत के आदेश पर महंत बलदेव गिरि को धूना साहिब और प्राचीन मंदिर के दो अन्य स्थलों का कब्ज़ा बहाल करने में विफल रही। 11 सितंबर 2014 को पुलिस ने सीमा सुरक्षा बल की मदद से दोनों पक्षों के बीच समझौता कराया